Оля (enka_letka) wrote,
Оля
enka_letka

Categories:

Nikolaus? Force fields!

Вчера вечером на танцах мы с удивлением обнаружили, что день-то был праздничный: Nikolaustag (вот тут можно почитать по-русски об этом празднике), когда ко всем немецким детям приходит Николаус и засовывает подарки в носки и сапоги. Т.е. это эдакий дополнительный Дед Мороз, но только он не безгранично добрый и подарки дарит только послушным детям, которые ко всему прочему еще и не ходят в дырявых носках и учат рождественские стихи. Но для нас, как это нетрудно предположить, праздник не имеет совсем никакого значения. В детстве мы его не отмечали, у самих у нас детей нет, а подарки мы друг другу даже на НГ не дарим, какой уж там Николаус? Ульрике очень удивилась, что мы вообще были не в курсе о празднике. В конце занятия одна девочка раздавала всем крохотных шоколадных Николаусов.

Для меня вчера был вовсе не Николаус, а день, в который я смогла конвертировать force field для OLED материалов из формата CHARMM в формат для пакета Gromacs. Задача оказалась чуть менее ужасной, чем я ожидала. На разных динамических форумах напрямую написано, что конвертация силовых полей между разными пакетами - это кошмар и ужас и нужно быть готовым скормить этому процессу все мозги. Но мне повезло: каким-то очень левым путем я нашла в интернете неплохой питоновский скрипт-преобразователь. Разумеется, скрипт был для белков, и исходный CHARMM-формат у нас не совсем совпадал, но зная питон (какое счастье, что я его знаю!) и примерно представляя, что я хочу, скрипт удалось допилить примерно за полдня. И у меня есть собственное силовое поле для Громакса. Это нельзя признать полной победой, потому что пока мне не удалось эффективно скормить Громаксу новое силовое поле: он выдает самые разные ошибки, часть из которых я понимаю и могу устранить, а часть из которых вообще не понятна. Но сами файлы с силовым полем выглядят адекватно, что уже можно считать вполне годным ачивментом (сорри фор инглиш ворд!). Если бы мне вчера удалось запустить динамику с новым полем, то я бы даже приняла идею о том, что Николаус - это очень великий праздник.

Предновогоднее и предрождественское время уже очень давно перестало быть наполненным радостным ожиданием. Как правило, оно наполнено диким количеством стресса на работе, поскольку к концу года все кареты превратятся в тыквы, а ненаписанные отчеты по проектам висят на шее камнем и не дают вздохнуть. В этом году в этому еще добавилось и то, что у нас С. на работе прямо-таки черная полоса и у обоих по всем проектам не получается почти ничего при том, что надо много и срочно. И от этого очень-очень кисло и совсем не до рождественских вечеринок.


Tags: kuehn, бальные, германия, научное, праздники, танцевальное
Subscribe

  • Намибия21: от ВА (ч.4-14)

    Пока мы все по-прежнему никак не займемся своими монументальными записями о Намибии по дням, ВА на фейсбуке продолжает публиковать короткие…

  • осенние SUPы и пр.

    Сегодня мы не только в первый раз после возвращения из отпуска в Намибии плавали на своих SUPах, но и впервые в жизни плавали осенью! Дима после…

  • Варьете Делюкс

    Сегодня утром мы ходили на набережную Варнова в цирковой шатер моего клуба "Фантазия" на представление "Варьете Делюкс". Алекс,…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 9 comments